在普通的情况下，运行简单的Java应用程序时，将JAR文件放在任何地方都可以通过IDE运行。

但是

当你涉及Web应用程序开发时，你会发现有必要将外部JAR文件放在Web-INF/lib中。否则，在部署应用程序时，服务器将无法在运行时找到JAR文件，并抛出java.lang.ClassNotFoundException异常。你也可以直接将JAR文件放在服务器lib文件夹下，但这不是通常的惯例。

对于Swing/SWT应用程序，外部JAR文件需要与可执行应用程序一起打包/发布。在这些情况下，你应该将JAR文件放在项目文件夹中，最好是在一个LIB文件夹下。例如，请查看此网站：可执行JAR