尿碱化药：可增加本品在碱性尿中的溶解度，使排泄增多。

对氨基苯甲酸：对氨基苯甲酸可代替本品被细菌摄取，不宜合用。也不宜与含对氨苯甲酰基的局麻药如普鲁卡因、苯佐卡因、丁卡因等合用

口服抗凝药、口服降血糖药、甲氨蝶呤、苯妥英钠和硫喷妥钠：与上述药物合用时，需调整上述药物剂量。本品可取代这些药物的蛋白结合部位，或抑制其代谢，以致药物作用时间延长或毒性发生。

骨髓抑制药：可能增强骨髓抑制药潜在的不良反应和毒性作用。

避孕药（口服含雌激素）：长时间合用可导致避孕的成功率降低，并可能会增加经期外出血的几率。

溶栓药：可能增大溶栓药潜在的毒性作用。

肝毒性药物（包括利福平、雷米封、乙氨丁醇、吡嗪酰胺、顺铂，卡培他滨）：可能引起肝毒性发生率的增高。

光敏感药物（如左氧氟沙星、维A酸）：可能会发生光敏感的相加作用。

乌洛托品：使发生结晶尿的危险性增加。

保泰松：与本品合用可增加保泰松的作用。

磺吡酮：可减少本品自肾小管的分泌，导致血药浓度升高而持久或产生毒性。在应用磺吡酮期间或应用其治疗后可能需要调整本品的剂量。

环孢素：可增加肾毒性。

华法林：可抑制华法林的代谢而增强其抗凝作用。

利福平：可明显增加复方磺胺甲噁唑清除，血清半衰期缩短。

抗肿瘤药、2，4-二氨基嘧啶类药物：不宜与本品同时使用，也不宜在使用其他叶酸拮抗药治疗的疗程之间使用本品，可能会产生骨髓再生不良或巨幼红细胞贫血。

氨苯砜：两者血药浓度均可升高，可使不良反应增多且加重，易出现高铁血红蛋白血症。

青霉素类药物：本品可能会干扰青霉素类药物的杀菌作用，应避免同时使用。

氨基乙酰丙酸（全身）：可增强氨基乙酰丙酸的光敏作用。

阿莫地喹：甲氧苄啶可增强阿莫地喹的中性粒细胞减少作用。

BCG（膀胱内）、霍乱疫苗、伤寒疫苗：可能会降低上述药物的免疫效果。

多非利特：本品可能会增加多非利特的血清浓度。

磷苯妥英：可能降低复方磺胺甲噁唑的血清浓度。

美加明：可能会增强美加明的不良反应或毒性作用。

塞克硝唑：可能会增强塞克硝唑的不良反应或毒性作用。

匹可硫酸钠：本品可能会降低匹可硫酸钠的治疗效果。